Der Kointegrationsbegriff im Kontext der Zeitreihenanalyse und Ökonometrie geht auf Granger und Engle zurück. Diese bezeichnen einen langfristige Gleichgewichtsbeziehung zwischen Variablen als Kointegration. Kurzfristig ist eine Abweichung vom Gleichgewicht zulässig. Bei dieser Gleichgewichtsstörung handelt es sich aber um eine Zufallsvariable.

Über das Engle-Granger-Repräsentationstheorem lässt eine Beziehung zwischen dem Konzept der Kointegration von Variablen und einem Fehlerkorrekturmodell herstellen. Dieses besagt, dass zu jedem Kointegrationsmodell ein Fehlerkorrekturmodell existiert, das die Kurzfristdynamik des Systems beschreibt.

Die Kointegration wird bei trendbehafteten Zeitreihen (instationäre Zeitreihen) angewendet. Sie stellt dabei eine Alternative zu einer Trendbereinigung etwas durch Differenzenbildung dar. Trendbereinigung wird oft vorgeschlagen, um Scheinregressionen zu vermeiden. Der Nachteil dieser Behandlung der Instationarität ist aber, dass durch das Bereinigen Informationen verloren gehen. Hier liegt der Vorteil der Arbeit mit Niveavariablen bzw. der Kointegration: Langfristige Gleichgewichtsbeziehungen können erkannt und analysiert werden.